该研究共使用了868只鸡的二代测序数据。其中，359只鸡的数据来自我校家禽种质资源场于2003年建立的固始-安卡鸡F2代资源群以及保存的固始鸡、淅川乌骨鸡保种群，509只鸡的数据来源于公共数据库。基于“Reference-based Iterative Mapping and Assembly ”方法，利用664只鸡的数据构建了首个鸡的泛基因组，发现有~66.5 Mb的序列在目前参考基因组中不存在。全基因组PAV（Presence/Absence variation）分析发现：选择、杂交和遗传漂变因素均可以重塑群体的PAV特征。另外，PAV-GWAS 和功能研究发现，IGF2BP1基因启动子区存在着L1和L2两种突变类型，与鸡多个生长/体尺性状显著相关，并对相关数量性状的表型方差贡献很大。
长期以来，康相涛教授团队一直致力于地方鸡遗传资源保护与利用研究。本项研究构建的泛基因组，将为我国地方鸡生长性状形成的遗传机制解析、资源鉴定和保护利用提供重要的理论指导；首次解析的位于27号染色体上影响鸡生长性状主效基因IGF2BP1的致因突变的分子标记，将为我国“十四五”规划中的种业振兴，破解种业“卡脖子”问题，提供重要的技术支撑！
我院康相涛教授、李文婷副教授和澳大利亚西澳大学David Edwards教授为论文的通讯作者。我院青年教师王克君博士和西澳大学胡海飞博士为论文的第一作者。该研究得到了教育部创新团队（IRT16R23）、国家自然基金青年基金项目（31902144）和中原学者科学家工作室专项基金（30601985）的资助。
论文链接：
https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab231/6332014
附：河南农业大学家禽团队简介
该团队为教育部、农业部科研创新团队，现有核心成员15名，均具有博士学位。其中，中原学者、省特聘教授各1人，河南省认定的高层次人才6人，博士（硕士）生导师4人，硕士生导师10人。团队长期围绕地方鸡种质资源保护和利用开展研究，先后主持承担国家“863”计划、国家自然科学基金、河南省重大专项等国家和省部级科研项目50余项。育出特色新品系19个，新发现国家遗传资源1个，培育国审新品种（配套系）3个；发表学术论文430余篇，其中SCI文章100余篇。出版著作27部；获授权发明专利38项；培养博士、硕士研究生150余人；主持获国家技术发明奖、国家科技进步奖二等奖各1项。
依托团队建有河南省鸡种质资源创新与利用重点实验室、河南省家禽育种国际联合实验室和河南省家禽种质资源创新工程研究中心等5个省部级研究平台，以及设施设备一流、保存28个特色资源的河南农业大学家禽种质资源场。
