图1 58个地方鸡品种地理分布
该系列芯片采用模块组合的设计思路：模块I是利用66.5 M泛基因组序列，设计5 K标记；模块II是整合生长、繁殖、屠体等性状GWAS的功能位点，设计5K标记；模块III是整合我国58个地方鸡种中高频SNP位点，设计30 K标记；模块IV是整合生长、羽色等性状的原因SV、PAV、InDel突变位点。集成上述模块，创制了40 K、5K地方鸡基因组系列芯片——“神农1号”。
图2 “神农1号”地方鸡基因组芯片位点分布
图3 “神农1号”地方鸡基因组液相芯片试剂盒
附：团队简介图3 “神农1号”地方鸡基因组液相芯片试剂盒
河南农业大学家禽团队是教育部、农业部科研创新团队，现有16名骨干成员，其中教授9人、副教授3人。团队带头人康相涛教授先后荣获全国先进工作者、中华农业英才奖和首届国际种业科学家奖等。团队长期围绕地方鸡种质资源保护和利用开展研究，先后主持承担国家“863”计划、国家自然科学基金、神农种业实验室“一流课题”项目等国家和省部级科研项目；主持培育国审新品种2个，完成的《中国地方鸡种质资源优异性状发掘创新与应用》获国家技术发明奖二等奖、《地方鸡保护利用技术体系创建与应用》获国家科学技术进步奖二等奖，授权国家发明专利46项，制定国家和地方标准10项，发表中英文论文500余篇。
上述研究成果的取得主要依托于神农种业实验室、农业农村部畜禽资源（家禽）评价利用重点实验室、河南省鸡种质资源创新与利用重点实验室、河南省家禽育种国际联合实验室和河南省家禽种质资源创新工程研究中心等省部级研究平台，以及保存了29个特色资源、设施设备一流的河南农业大学家禽种质资源场。
主要参考文献：
1.Wang K, Hu H, Tian Y, Li J, Scheben A, Zhang C, Li Y, Wu J, Yang L, Fan X, Sun G, Li D, Zhang Y, Han R, Jiang R, Huang H, Yan F, Wang Y, Li Z, Li G, Liu X, Li W, Edwards D, Kang X. The Chicken Pan-Genome Reveals Gene Content Variation and a Promoter Region Deletion in IGF2BP1 Affecting Body Size. Mol Biol Evol. 2021, 38(11):5066-5081.
2.https://omia.org/home/
3.Wang M, Thakur Mukesh, Peng M et al, 863 genomes reveal the origin and domestication of chicken. Cell Research, 2020, 30:693–701.
4.https://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/GG/index
